Il complesso abbaziale, così come lo vediamo adesso, è costituito dalla chiesa, con interno basilicale a tre navate, attorno a cui si svolgono un grande cortile e due chiostri.
La chiesa è un monumento di grande bellezza come non ci si aspetterebbe di trovare in una zona così rurale. All'esterno il complesso, come sempre risultato di successivi interventi, costruzioni e ricostruzioni succedutisi nei vari secoli, presenta tuttavia un carattere di grande armonia.
L'interno della chiesa è interamente decorato: tutte le pareti sono coperte da affreschi e il soffitto è a cassettoni con rosoni dorati.
Affreschi e pitture sono di grande qualità e vi sono anche opere importanti, come il grande “Giudizio Universale” sulla facciata interna e alcuni affreschi di Orazio Gentileschi.
L'insieme è molto suggestivo, anche grazie a sapienti effetti di luce.
Davanti al complesso abbaziale si trova una pittoresca viuzza fronteggiata da due file di vecchie case basse con piccole attività commerciali.

Il complesso costituì nel medioevo una delle comunità monastiche più potenti e ricche dell'Italia Centrale. Le sue origini risalgono alla metà del VI secolo. Distrutta subito dopo, fu ricostruita nel sito attuale tra il VII e l'VIII secolo da un gruppo di Monaci provenienti dalla Savoye, capeggiati da Tommaso di Maurienne.
La sua posizione di confine conferì sempre a Farfa una notevole rilevanza politica ,che godette di grandi fortune fino al periodo delle incursioni da parte dei predoni arabi, concluso quando, nell'898, l'Abbazia fu presa e incendiata.
Ricostruita pochi anni appresso, dopo alcune difficoltà tornò, nel XI secolo, all'antico splendore; passata nel 1122 dal patrocinio imperiale a quello pontificio, nel 1567 fu annessa alla congregazione Cassinese e, al contempo, fu dato l'avvio ad una serie di grandi lavori di ristrutturazione del complesso monastico.
Questa fase di nuovo slancio economico durò fino all'inizio del '600, per poi decadere progressivamente nella seconda metà del secolo.
Con gli sconvolgimenti provocati dalla rivoluzione francese il monastero perdette la sua autonomia come ente ecclesiastico.